Cải cách thứ nhất, hải quan trở thành đầu mối kiểm tra chất lượng (KTCL), kiểm tra an toàn thực phẩm (ATTP) đối với hàng hóa nhập khẩu tại cửa khẩu. Hải quan sẽ tiếp nhận hồ sơ đăng ký KTCL, kiểm tra ATTP hàng hóa nhập khẩu, quyết định phương thức kiểm tra (kiểm tra chặt, kiểm tra thông thường, kiểm tra giảm), thực hiện kiểm tra hồ sơ. Trường hợp hàng hóa phải lấy mẫu để chứng nhận hợp qui/giám định thì thực hiện chứng nhận hợp qui/giám định tại tổ chức chứng nhận/giám định hoặc các đơn vị, tổ chức của cơ quan hải quan được bộ quản lý ngành, lĩnh vực chỉ định theo lựa chọn của người khai hải quan. Kết quả KTCL, kiểm tra ATTP của hải quan là cơ sở để người khai hải quan thực hiện thủ tục hải quan. Trường hợp không nhất trí với kết quả kiểm tra của hải quan, người khai hải quan có thể khiếu nại hoặc khởi kiện theo quy định của pháp luật.

Thứ hai, áp dụng đồng bộ 3 phương thức kiểm tra cho cả KTCL, kiểm tra ATTP nhằm cắt giảm số lô hàng nhập khẩu phải kiểm tra, gồm: Kiểm tra chặt (kiểm tra hồ sơ kết hợp lấy mẫu chứng nhận, giám định, kiểm nghiệm); kiểm tra thông thường (kiểm tra hồ sơ đăng ký KTCL, kiểm tra ATTP) và kiểm tra giảm (kiểm tra hồ sơ ngẫu nhiên không quá 5% trên tổng số lô hàng của năm liền kề trước đó). Nếu hàng hóa đã có 03 lần liên tiếp đạt yêu cầu nhập khẩu theo phương thức kiểm tra chặt được chuyển sang kiểm tra thông thường; hàng hóa đã có 03 lần liên tiếp đạt yêu cầu kiểm tra thông thường được chuyển sang kiểm tra giảm. Hệ thống công nghệ thông tin và cơ quan kiểm tra nhà nước tự động xác định hàng hóa được miễn giảm kiểm tra. Việc áp dụng hoặc chuyển đổi phương thức kiểm tra phụ thuộc vào mức độ rủi ro, khả năng gây mất an toàn của hàng hóa nhập khẩu (vật liệu nổ, thuốc thú y... phải kiểm tra chặt chẽ).

Thứ ba, đơn giản hóa thủ tục kiểm tra. Hải quan sẽ thực hiện đồng thời thủ tục nhập khẩu hàng hóa và thủ tục kiểm tra với một đầu mối là hải quan. Hàng hóa nhập khẩu được phân loại vào các quy trình kiểm tra khác nhau theo hướng đơn giản dần, trên cơ sở ứng dụng tối đa công nghệ thông tin. Hệ thống tự động quyết định đối tượng được miễn, giảm kiểm tra, doanh nghiệp không phải đề nghị. Với cải cách này, sẽ giúp cắt giảm trình tự, thủ tục và thời gian thông quan hàng hóa (cắt giảm 3 bước thủ tục KTCL, cắt giảm 2 bước đối với kiểm tra ATTP), doanh nghiệp chỉ phải đăng ký KTCL với hải quan, lựa chọn tổ chức giám định và thông báo cho hải quan và được thông quan hàng hóa nếu đạt chất lượng, an toàn thực phẩm, không phải đi lại đến nhiều đầu mối, giảm được chi phí, thời gian.

Thứ tư, thực hiện kiểm tra theo mặt hàng để cắt giảm các lô hàng phải kiểm tra. Hải quan sẽ áp dụng phương thức hoặc chuyển đổi phương thức từ kiểm tra chặt sang kiểm tra thông thường, từ thông thường sang kiểm tra giảm đối với hàng hóa giống hệt, không phân biệt nhà nhập khẩu nhằm cắt giảm tỷ lệ kiểm tra đối với cùng một mặt hàng. Người nhập khẩu chịu trách nhiệm với lô hàng nhập khẩu và sẽ bị xử lý theo quy định nếu hàng hóa không đạt chất lượng.

Thứ năm, áp dụng đầy đủ, thực chất nguyên tắc quản lý rủi ro. Hải quan sẽ đánh giá theo tiêu chí lựa chọn đối với nhà xuất khẩu, nhà sản xuất ở nước ngoài; đánh giá tuân thủ pháp luật của doanh nghiệp; xây dựng danh mục hàng hóa rủi ro của từng lĩnh vực quản lý chuyên ngành. Các bộ quản lý ngành, lĩnh vực phối hợp cung cấp thông tin để áp dụng quản lý rủi ro “tích hợp”.

Thứ sáu, bổ sung mở rộng thêm 19 trường hợp miễn kiểm tra phù hợp với thực tiễn; công nhận, thừa nhận hàng hóa đã được kiểm tra tại nguồn, hàng hóa được sản xuất theo công nghệ tiên tiến và có xuất xứ từ những nước, vùng lãnh thổ có tiêu chuẩn chất lượng cao.

Thứ bảy, ứng dụng công nghệ thông tin vào KTCL và kiểm tra ATTP trên cơ sở kế thừa và chuyển luồng dữ liệu từ Cổng thông tin một cửa quốc gia tới hệ thống thông quan hải quan; các hệ thống chuyên ngành tiếp tục chia sẻ thông tin hiện có và chia sẻ thêm thông tin thông quan từ phía hải quan để phục vụ quản lý nhà nước của các bộ quản lý ngành, lĩnh vực. Nâng cấp Cổng thông tin một cửa quốc gia, hệ thống thông quan tự động và hệ thống quản lý rủi ro để bổ sung các tính năng hỗ trợ doanh nghiệp xác định hàng hóa thuộc đối tượng kiểm tra chuyên ngành; hỗ trợ công bố tiêu chuẩn/quy chuẩn áp dụng đối với hàng hóa; kết nối và chia sẻ hồ sơ, dữ liệu cho các bên liên quan; phân luồng kiểm tra chuyên ngành kết hợp với phân luồng kiểm tra hải quan; cung cấp chỉ dẫn cho doanh nghiệp thực hiện các công đoạn trong kiểm tra chuyên ngành kết hợp kiểm tra hải quan.

Điều 6, Điều 7 Thông tư 33/2014/TT-BNNPTNN ngày 30/10/2014 của Bộ Nông nghiệp và Phát triển Nông thôn quy định:

“Điều 6. Hồ sơ đăng ký kiểm dịch thực vật nhập khẩu

1. Giấy đăng ký kiểm dịch thực vật (theo mẫu quy định tại Phụ lục I ban hành kèm theo Thông tư này).

2. Bản sao chụp hoặc bản chính Giấy chứng nhận kiểm dịch thực vật do cơ quan kiểm dịch thực vật có thẩm quyền của nước xuất khẩu.

Trường hợp chủ vật thể nộp bản sao chụp thì phải nộp bản chính trước khi được cấp Giấy chứng nhận kiểm dịch thực vật nhập khẩu, quá cảnh và vận chuyển nội địa cho lô vật thể.

3. Bản chính hoặc bản sao chứng thực Giấy phép kiểm dịch thực vật nhập khẩu (trường hợp quy định phải có Giấy phép).

Điều 7. Trình tự thủ tục kiểm dịch thực vật nhập khẩu

1. Đăng ký kiểm dịch thực vật

Chủ vật thể nộp trực tiếp 01 bộ hồ sơ đăng ký kiểm dịch thực vật nhập khẩu tại cơ quan kiểm dịch thực vật.

2. Tiếp nhận và kiểm tra hồ sơ

Cơ quan kiểm dịch thực vật có trách nhiệm tiếp nhận và kiểm tra ngay tính hợp lệ của hồ sơ theo quy định. Trường hợp hồ sơ không hợp lệ thì yêu cầu chủ vật thể bổ sung, hoàn thiện hồ sơ;

3. Kiểm tra vật thể

Căn cứ kết quả kiểm tra hồ sơ, cơ quan kiểm dịch thực vật quyết định địa điểm và bố trí công chức kiểm tra ngay lô vật thể theo trình tự sau đây:

a) Kiểm tra sơ bộ

Kiểm tra bên ngoài lô vật thể, bao bì đóng gói, phương tiện chuyên chở; khe, kẽ và những nơi sinh vật gây hại có thể ẩn nấp; thu thập côn trùng bay, bò hoặc bám bên ngoài lô vật thể.

b) Kiểm tra chi tiết

Kiểm tra bên trong và lấy mẫu lô hàng theo quy định tại QCVN 01-141:2013/BNNPTNT Quy chuẩn kỹ thuật quốc gia về phương pháp lấy mẫu kiểm dịch thực vật; thu thập các vật thể mang triệu chứng gây hại và sinh vật gây hại; phân tích giám định mẫu vật thể, sinh vật gây hại đã thu thập được.

4. Cấp Giấy chứng nhận kiểm dịch thực vật

a) Cơ quan kiểm dịch thực vật cấp Giấy chứng nhận kiểm dịch thực vật nhập khẩu, quá cảnh và vận chuyển nội địa (theo mẫu quy định tại Phụ lục II ban hành kèm theo Thông tư này) trong vòng 24 giờ kể từ khi bắt đầu kiểm dịch đối với lô vật thể không bị nhiễm đối tượng kiểm dịch thực vật hoặc đối tượng phải kiểm soát của Việt Nam hoặc sinh vật gây hại lạ.

Trường hợp kéo dài hơn 24 giờ do yêu cầu về chuyên môn kỹ thuật hoặc trường hợp không cấp Giấy chứng nhận kiểm dịch thực vật thì cơ quan kiểm dịch thực vật phải thông báo hoặc trả lời bằng văn bản và nêu rõ lý do cho chủ vật thể thuộc diện kiểm dịch biết.

b) Trường hợp phát hiện lô vật thể bị nhiễm đối tượng kiểm dịch thực vật, đối tượng phải kiểm soát của Việt Nam hoặc sinh vật gây hại lạ, cơ quan kiểm dịch thực vật quyết định áp dụng các biện pháp xử lý kiểm dịch thực vật phù hợp theo quy định.

c) Trường hợp lô vật thể được vận chuyển bằng tàu biển có chiều cao khoang chứa hàng từ 3m trở lên, phải chia thành nhiều lớp để kiểm tra thì sau khi kiểm tra mỗi lớp, căn cứ vào kết quả kiểm tra, cơ quan kiểm dịch thực vật cấp Giấy tạm cấp kết quả kiểm dịch thực vật cho khối lượng vật thể đã kiểm tra (theo mẫu quy định tại Phụ lục III ban hành kèm theo Thông tư này).

Sau khi có Giấy tạm cấp kết quả, lô hàng được phép vận chuyển về kho bảo quản và chỉ được đưa ra sản xuất, kinh doanh sau khi được cấp Giấy chứng nhận kiểm dịch thực vật nhập khẩu, quá cảnh và vận chuyển nội địa. Căn cứ kết quả kiểm tra toàn bộ lô vật thể, cơ quan kiểm dịch thực vật cấp Giấy chứng nhận kiểm dịch thực vật nhập khẩu, quá cảnh và vận chuyển nội địa cho lô vật thể.”