Theo số liệu của Tổng cục Thống kê - Bộ Kế hoạch và Đầu tư, đến 31/12/2019, Việt Nam có hơn 750.000 doanh nghiệp đang hoạt động. Quy mô vốn sản xuất kinh doanh của các doanh nghiệp có kết quả sản xuất kinh doanh năm 2019 là 36.712 nghìn tỷ đồng.

Tổng số thu Ngân sách nhà nước (NSNN) từ 561 doanh nghiệp lớn do Tổng cục Thuế giao Vụ Quản lý thuế Doanh nghiệp lớn tổ chức quản lý lũy kế 9 tháng năm 2020 đạt 195,62 nghìn tỷ đồng, bằng 97% so với lũy kế 9 tháng cùng kỳ và bằng 65% so với cả năm 2019. Số lượng doanh nghiệp lớn chỉ chiếm tỉ lệ rất nhỏ 0,075% trong tổng số các doanh nghiệp đang hoạt động ở Việt Nam, nhưng các doanh nghiệp lớn đang đóng vai trò trọng yếu trong công tác quản lý thu Ngân sách nhà nước.

Mặc dù, vị trí của các doanh nghiệp lớn đã và đang mang lại nhiều lợi ích to lớn cho nền kinh tế, nhưng các doanh nghiệp lớn - là những khách hàng đặc biệt quan trọng, lại chưa có một cơ chế ưu tiên hay ưu đãi khác biệt so với phần còn lại. Ngoài ra, do các doanh nghiệp lớn hoạt động theo mô hình tập đoàn ở nhiều địa bàn khác nhau nên đôi khi việc hướng dẫn, tổ chức triển khai các chương trình, chính sách không đồng bộ.

Công tác thanh tra-kiểm tra chuyên ngành thuế đối với các doanh nghiệp lớn chưa đạt được yêu cầu về số lượng đơn vị được kiểm tra, hạn chế giám sát sau thanh tra-kiểm tra. Việc giám sát, đôn đốc thi hành sau thanh tra-kiểm tra chưa kịp thời, xuất phát từ thực tế là các khoản truy thu qua thanh tra được nộp vào tài khoản của các Cục Thuế địa phương, nên Vụ Quản lý thuế DN lớn (QLT DNL) không chủ động nắm bắt được khi nào số tiền thuế truy thu nộp vào NSNN nếu không liên hệ với Cục Thuế hoặc đề nghị doanh nghiệp cung cấp chứng từ nộp tiền.

Vụ Quản lý thuế Doanh nghiệp lớn cho biết, các doanh nghiệp lớn mang lại nhiều lợi ích to lớn cho nền kinh tế đất nước trong bối cảnh hội nhập hiện nay. Tuy nhiên, Việt Nam chưa có một cơ chế, chính sách ưu tiên dành riêng cho nhóm doanh nghiệp này. Các chính sách ưu đãi về tài chính, tín dụng, lao động hay giải quyết các vấn đề về thiên tai, dịch bệnh… thường ưu tiên các đối tượng là các doanh nghiệp nhỏ và vừa (theo Luật hỗ trợ doanh nghiệp nhỏ và vừa số 04/2017/QH14).

Ông Hoàng Quang Phòng, Phó Chủ tịch Phòng Thương mại và Công nghiệp Việt Nam (VCCI) cho biết, ngày càng có nhiều các doanh nghiệp quy mô lớn không chỉ là các tập đoàn, tổng công ty Nhà nước, các doanh nghiệp lớn có vốn đầu tư nước ngoài mà còn cả các tập đoàn kinh tế tư nhân trong nước. Việc phát triển ngày càng lớn mạnh của các doanh nghiệp lớn đòi hỏi quản lý thuế cũng phải được nâng cao, cơ chế hỗ trợ nhanh, điều phối kịp thời. Theo ông Hoàng Quang Phòng, đã đến lúc ngành tài chính và hệ thống thuế cần tổ chức lại quản lý thuế với doanh nghiệp lớn.

Đại diện Bộ Tài chính cho biết, thời gian qua Vụ Quản lý thuế doanh nghiệp lớn đã thực hiện chức năng quản lý thuế đối với doanh nghiệp lớn như dự toán, đôn đốc thu nộp, phối hợp thanh tra, kiểm tra và xử lý các vấn đề phát sinh. Số thu thuế của khối các doanh nghiệp lớn ngày càng tăng, góp phần thực hiện nhiệm vụ thu nộp ngân sách Nhà nước.

Trong quản lý thuế, số lượng các doanh nghiệp được phân công cho Vụ Quản lý thuế doanh nghiệp lớn theo dõi quản lý là 405 doanh nghiệp, trong đó gồm 35 tập đoàn, tổng công ty, 17 lô mỏ dầu khí (nếu tính cả các công ty con, chi nhánh của các tập đoàn, tổng công ty thì có 2.750 mã số thuế). Tuy nhiên, thực tế cho thấy chức năng nhiệm vụ, tổ chức bộ máy của Vụ Quản lý thuế doanh nghiệp lớn cũng còn những vấn đề cần tiếp tục nghiên cứu hoàn thiện, Vụ Quản lý thuế doanh nghiệp lớn vẫn nặng về chức năng tham mưu, chưa thực hiện đầy đủ chức năng quản lý thuế; sự phối kết hợp giữa Vụ Quản lý thuế doanh nghiệp lớn với các đơn vị trong Tổng cục, với các Cục Thuế ở địa phương chưa thực sự chặt chẽ.

Phó Tổng cục trưởng Tổng cục Thuế Đặng Ngọc Minh cho biết, đối với thực trạng quản lý các doanh nghiệp lớn hiện nay, các cơ quan Thuế trên cả nước đều bị giới hạn về thẩm quyền, đặc biệt trong mối quan hệ giữa cơ quan Thuế Việt Nam với cơ quan thuế quốc tế. Bên cạnh đó, không một cơ quan thuế nào có đủ thẩm quyền quản lý và có chính sách như chính sách cơ quan Trung ương. Do vậy, việc quản lý doanh nghiệp lớn tập trung sẽ phát huy hiệu quả cho các doanh nghiệp lớn. Thời gian qua, Thủ tướng Chính phủ Nguyễn Xuân Phúc đã có kết luận số 90/TB-VPCP ngày 11/3/2020 tại Hội nghị sơ kết triển khai thực hiện Quyết định số 41/2018/QĐ-TTg ngày 25/9/2018 quy định chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức của Tổng cục Thuế, trong đó nhấn mạnh "Tiếp tục rà soát, sắp xếp, kiện toàn tổ chức bộ máy ngành thuế theo tinh thần của các Nghị quyết của Hội nghị Trung ương 6 khóa XII; tăng cường năng lực cho các đơn vị trực thuộc Tổng cục, lưu ý thực hiện có hiệu quả nhiệm vụ quản lý doanh nghiệp lớn, các tập đoàn, công ty đa quốc gia…"

Kết luận của Thủ tướng Chính phủ đã phản ánh đúng nhu cầu khách quan, xu thế tất yếu và sự cần thiết phải đổi mới công tác quản lý thuế doanh nghiệp lớn trong ngành thuế, tổ chức lại mô hình từ Vụ Quản lý thuế doanh nghiệp lớn thành Cục Quản lý thuế doanh nghiệp lớn ở cấp Trung ương (Tổng cục Thuế) để tập trung, thống nhất, giữ vai trò chủ đạo của nguồn thu ngân sách Trung ương, từ đó tạo động lực cho cải cách, hiện đại hóa công tác quản lý thuế và nâng cao công tác chỉ đạo điều hành kinh tế vĩ mô của nhà nước.