Trước đó, thực hiện Quyết định số 38/QĐ-TTr ngày 13/3/2019 của Chánh Thanh tra Bộ Tài chính về việc thanh tra việc chấp hành pháp luật về tài chính, kế toán, và thuế tại Công ty TNHH MTV Tổng công ty Tân Cảng Sài Gòn và các doanh nghiệp có vốn đầu tư từ công ty này.

Công ty TNHH MTV Tổng công ty Tân cảng Sài Gòn được thành lập theo Quyết định số 352/TTg ngày 13/7/1993 của Thủ tướng Chính phủ hoạt động theo quy mô công ty mẹ - công ty con.

Ngày 9/2/2010, Bộ trưởng Bộ Quốc phòng đã ký Quyết định số 418/QĐ-BQP chuyển Công ty Tân Cảng Sài Gòn thành Công ty TNHH MTV Tổng công ty Tân cảng Sài Gòn (gọi tắt là Tổng Cty Tân cảng Sài Gòn).

Theo báo cáo tài chính hợp nhất năm 2018 của Tổng Cty Tân cảng Sài Gòn tại thời điểm 31/12/2018 vốn chủ sở hữu là 13.092 tỷ đồng, trong đó vốn nhà nước là 6.596 tỷ đồng đồng chiếm trên 50%, còn lại là nguồn vốn khác.

Tổng Cty Tân cảng Sài Gòn là đơn vị hoạt động kinh doanh trong nhiều lĩnh vực như: Dịch vụ hàng hải, dịch vụ đại lý tàu biển, dịch vụ đại lý vận tải đường biển, dịch vụ môi giới hàng hải, dịch vụ cung ứng tàu biển, dịch vụ kiểm đếm hàng hóa, dịch vụ lai dắt tàu biển, dịch vụ logistics, dịch vụ khai thuế hải quan, dịch vụ vệ sinh tàu biển, dịch vụ khu vực cảng mở, mua bán phân loại, lưu trữ, bảo quản, sửa chữa bao gói, đóng gói hàng hóa (trừ đóng gói thuốc bảo vệ thực vật); sửa chữa bảo dưỡng phương tiện vận tải; bốc xếp hàng hóa; kho bãi và lưu trữ hàng hóa…

Hiện, Tổng Cty Tân cảng Sài Gòn có 5 công ty TNHH MTV do Tổng Cty nắm giữ 100% vốn điều lệ; 16 công ty là công ty cổ phần do Tổng Cty nắm giữ trên 50% vốn điều lệ; 10 công ty do công ty mẹ nắm giữ dưới 50% vốn điều lệ.

Năm 2018, tổng doanh thu toàn Tổng Công ty đạt 17.439 tỷ đồng tăng 63,79% doanh thu thực hiện năm 2017, trong đó: Công ty mẹ đạt 8.269 tỷ đồng, tăng 19,27% so với doanh thu thực hiện năm 2017; Các công ty con đạt 9.170 tỷ đồng, tăng 29,05% so với doanh thu thực hiện năm 2017.

Về lợi nhuận, toàn Tổng Công ty đạt 2.016 tỷ đồng, tăng 26% so với lợi nhuận thực hiện năm 2017, trong đó: Công ty mẹ đạt 1.135,2 tỷ đồng, tăng 14% so với lợi nhuận thực hiện năm 2017; Các công ty con đạt 880,8 tỷ đồng, tăng 29,2% so với lợi nhuận thực hiện năm 2017.

Tuy nhiên, theo Kết luận thanh tra, năm 2018, Tổng Công ty Tân cảng Sài Gòn đã để xảy ra nhiều "thiếu sót" trong việc quản lý, sử dụng vốn và tài sản.

Về việc ghi nhận vốn chủ sở hữu tại Tổng Công ty, nguồn vốn đầu tư xây dựng cơ bản là 1.131 tỷ đồng, trong đó: Nguồn vốn đầu tư xây dựng cơ bản đã được chủ sở hữu phê duyệt tăng vốn điều lệ là 1.005 tỷ đồng, do Tổng công ty chưa chuyển sang mục đích vốn góp của chủ sở hữu; nguồn vốn đầu tư xây dựng cơ bản còn lại là 126 tỷ chưa được chủ sở hữu phê duyệt tăng vốn điều lệ do nguồn kinh phí đang trong giai đoạn đầu tư dự án chưa hoàn thành để bàn giao.

Tiếp đó, Tổng Cty Tân cảng Sài Gòn xác định nộp lợi nhuận sau thuế về quỹ điều tiết của Bộ Quốc phòng thực hiện, sau khi đã phân phối lợi nhuận vào các quỹ (Quỹ đầu tư phát triển; Quỹ khen thưởng, phúc lợi và trích quỹ thưởng người quản lý doanh nghiệp, kiểm soát viên theo quy định của pháp luật) chưa đúng theo quy định tại Điều 27 Quy chế tài chính của Tổng Cty năm 2017.

Theo thứ tự phân phối lợi nhuận tại Điều 27 Quy chế tài chính của Tổng Cty năm 2017, thì Tổng Cty đã trích quỹ đầu tư phát triển tăng không đúng số tiền 30 tỷ đồng, dẫn đến xác định thiếu lợi nhuận còn lại phải nộp ngân sách Nhà nước sau khi phân phối vào các quỹ số tiền 30 tỷ đồng.

Có 5/10 doanh nghiệp được thanh tra sau khi chia cổ tức, lợi nhuận năm 2018 còn để lại lợi nhuận sau thuế 787 tỷ đồng nhưng chưa phân chia cổ tức, lợi nhuận.

Đặc biệt, tại Tổng công ty chưa theo dõi tài sản cố định trên đất khi được giao đất quốc phòng từ đơn vị quốc phòng thuộc Bộ Tư lệnh Hải Quân.

Đối với việc đầu tư tài chính dài hạn, Tổng Công ty Tân cảng Sài Gòn hạch toán tăng không đúng chi phí trích lập dự phòng gây tổn thất đầu tư tài chính dài hạn hơn 53,1 tỷ đồng tại Công ty TNHH container Quốc tế Hải Phòng.

Nguyên nhân được cho là, do Công ty TNHH container Quốc tế Hải Phòng đang trong giai đoạn lỗ kế hoạch theo phương án đầu tư của dự án, Tổng Công ty thực hiện trích lập dự phòng là không đúng đối tượng được trích theo quy định tại Thông tư số 89/TT-BTC của Bộ Tài chính.

Tổng Công ty Tân cảng Sài Gòn còn xác định tăng không đúng chi phí, dẫn đến xác định thiếu thu nhập chịu thuế thu nhập doanh nghiệp với số tiền lên đến trên 43,8 tỷ đồng khi trích lập dự phòng tổn thất đầu tư tài chính tại Cty TNHH Tân Cảng – Petro Cam Ranh.

Bên cạnh đó, Công ty TNHH MTV Cảng Tân cảng – Cái Mép Thị Vải còn hạch toán chi phí trả trước tăng không đúng vào chi phí trong năm 2018 với số tiền hơn 3,5 tỷ đồng.

Được biết, nguyên nhân do công ty không thực hiện phân bổ chi phí sửa chữa nâng cấp hệ thống bích neo của dự án nâng cấp cầu cảng thuộc Cảng Tân cảng Cái mép Thị vải cho tàu 160.000 DWT là khoản chi phí phục vụ cho hoạt động kinh doanh của nhiều kỳ kế toán, nhưng Công ty không thực hiện phân bổ cho nhiều kỳ mà hạch toán toàn bộ vào chi phí sản xuất kinh doanh trong năm 2018.

Việc làm này đã vi phạm các quy định tại Thông tư 200/2014/TT-BTC của Bộ Tài chính về hướng dẫn chế độ kế toán doanh nghiệp.

Ngoài ra, Tổng Cty Tân cảng Sài Gòn và 2 công ty con hạch toán thiếu nguyên giá tài sản cố định số tiền hơn 35,5 tỷ đồng đối với tài sản đi thuê và các công cụ, thiết bị đủ điều kiện ghi nhận tăng nguyên giá tài sản cố định thuê tài chính và tài sản cố định hữu hình. Từ đó dẫn đến việc phân bổ tăng không đúng chi phí là gần 4,5 tỷ đồng.

Không những thế, Tổng Cty Tân cảng Sài Gòn còn xác định tăng không đúng chi phí, dẫn đến xác định thiếu thu nhập chịu thuế thu nhập doanh nghiệp số tiền hơn 43,8 tỷ đồng khi trích lập dự phòng tổn thất đầu tư tài chính tại Cty TNHH Tân Cảng – Petro Cam Ranh.

Ngoài những "thiếu sót" trong quản lý, sử dụng vốn, tài sản của Tổng Cty Tân cảng Sài Gòn đã nêu ở trên, đơn vị này còn có nhiều vấn đề bất thường trong công tác hạch toán doanh thu, chi phí và kết quả kinh doanh trong năm 2018.